2008年8月到10月，商务部和连锁业协会委托上海连锁经营研究所进行了超市食品安全现状调查。调查了25家超市，其中外资超市占36%，国有超市占40%，民营超市占24%，主要在超市比较集中的地区展开，包括上海、深圳、山东、浙江、广西、四川、重庆。

    调查发现，在现有的食品销售渠道中，超市是最安全的。然而，还存在六大问题。

    组织结构尚需合理优化除了沃尔玛和麦德龙之外，所有接受调查的超市中，食品安全监管部门都依附于运营或采购部门。由于部门利益的限制，在监管过程中，作用受到限制。

     相关设施投入不足内资超市表现突出。调查发现，必须在冷库中存储的食品，大部分超市未能分门别类，无法避免交叉污染。存储在冰柜中的食品，普遍存在最高层温度达不到食品所需冷度。超市中加工食品使用的水，只有4家是蒸馏水，其他全部是未经过滤的自来水。由于成本问题，内资超市使用的消毒药水质量无法和外资超市相比，效果自然也打了折扣。

     加盟店食品安全监管力度不够阜阳“毒奶粉”事件中，就曾在超市加盟店发现该产品。按照惯例，加盟店70%的货物可以自行采购，30%由超市配送中心统一配送，前者食品安全没有有效监管，基本属于失控状态。联营和招商部分也存在同类问题。

    供应商向超市门店直接供货没有保证由于连锁超市配送中心和各门店的检测能力存在较大差距，一些供货商用两种标准，对前者的供货符合要求，直接送到门店的则没有保证。

    现场加工食品原料存在隐患鱼快死了，菜快蔫了，肉要剩下了，统统拿来做熟食，一点都不浪费，是目前超市的普遍做法。虽然，这些食品还在保质期内，但是理化指标和鲜度都已经下降，存在安全隐患。

   价格竞争致使食品质量下降超市之间的价格战愈演愈烈，采购部门拼命压低进货价格，直接影响了食品质量，对食品安全没有进行监管。