虽然农产品电商发展市场处于快速增长的阶段，但值得注意的是，当前农产品电商发展依然面临着不小的挑战。

“农产品上行是农村电商的核心。”中国电子商务研究中心主任曹磊认为，发展农村电商不仅要做好工业品和消费品下乡的下行问题，更要做好农产品走进城市的上行问题，最终促进农村经济发展。但在我国大部分地区，农产品上行的比例仍比较低，对农产品上行的认识不够清楚和透彻。农产品上行面临着农村物流基础设施薄弱、成本居高不下、缺乏专业人才、农村物流企业资金不足等问题。

不仅如此，我国农村电商发展目前处于起步阶段，农村电商人才难找、难留和成本过高等难题严重困扰我国农村电商的发展。

“此前，有不少农产品在接到订单后，通过营销手段和流量导入快速成为网络爆品，受到消费者的追捧。可是一旦‘走红’，后续提供的农产品品质可持续保障对生产加工能力提出了较高的要求。”中国国际电子商务中心研究院院长李鸣涛坦言，农产品品质的保障性、一致性、稳定性和规范化成为了农产品电商可持续发展面临的挑战。

解决这一问题需要农产品商品化和品牌化发展。发展农村电商的前提是商品化，必须跨过农产品商品化这道坎，必须要有标准化的农产品才能提升农产品的附加值，从而提高市场占有率，真正让“农产品上行”成为现实和可能。电子商务的发展让区域农产品迎来了品牌化的黄金时期，“三品一标”的农林产品完全可以率先借助互联网，低成本、高效地树立自己的“互联网品牌”。农村电子商务可以解构、重组传统农业的生产关系。因此，发展农村电商必须推进电商与农业深度融合，推动电商与农村一二三产业深度融合发展，进而推动农业发展方式的转变。不仅如此，农产品电商发展还要加强“本土化”的顶层设计，要有高度、有视野，与国家电子商务规划和省市电子商务发展规划一脉相承，要接地气，有可操作性。同时，还要加强本土企业的“电商化”和“本土化”电商平台的培育，注重“本土化”电商的教育培训。做好“本土化”电商还须电子商务支撑体系不断完善。只有通过“本土化”发展策略将一系列的外在推动力转化成农村电商的内生发展力，农村电商才会得到持续发展。